Миссия университета состоит в представлении и трансляции лучших практик российской науки, образования и культуры в Европе, а также повышении международной конкурентоспособности Калининградской области (за счёт наращивания интеллектуального, научно-технического, имиджевого капитала).

Для осуществления своей миссии университет должен стать научно-образовательным центром мирового класса и источником инноваций для России и Балтийского макрорегиона. Достижение этой стратегической цели означает выполнение трёх важнейших задач:

Сохранение и развитие устоявшихся, общепринятых, традиционных ценностей мировой и российской культур (в широком значение этого термина) в условиях особого географического расположения на стыке цивилизаций.

Обеспечение высочайшего уровня научных исследований в выбранных приоритетных направлениях.

Подготовка профессионалов, конкурентоспособных как на российском, так и на международном рынке труда.