Структуру ЧеченГПУ образуют 8 факультетов и 27 кафедр, которые возглавляют преподаватели, имеющие ученую степень и звание. Число аспирантов на 100 студентов контингента, приведенного к очной форме обучения, превышает норматив более чем в 2 раза.

В настоящее время в институте реализуются 23 основные образовательные программы высшего профессионального образования, шесть направление подготовки и 3 дополнительных профессиональных программ.  Институт предоставляет образовательные услуги по 35 основным лицензированным специальностям.

В институте функционирует аспирантура по 5 отраслям и 10 специальностям. Идет подготовка документов для открытия аспирантуры по двум специальностям:Социальная психология и Языки народов РФ (чеченский язык).

ЧеченГПУ ставит перед собой задачу стать базой для экспериментальной отработки современного содержания педагогического образования. Осуществляемые в вузе научные разработки – реальное тому подтверждение. Так, в рамках ФЦП «Поликультурное образование» учеными-методистами Университета созданы и проходят апробацию учебно-методические комплексы для чеченской начальной школы «Аббат», «Изобразительное искусство», «Музыка», имеющие гриф Министерства образования и науки РФ. Разработаны методические пособия по развитию речи и изобразительному искусству для дошкольных образовательных учреждений ЧР.

По тематическому плану Минобрнауки РФ ведутся научные разработки по теме «Исследование формирования личности в социокультурном кризисе».

В ЧеченГПУ ведется активная научно-исследовательская деятельность по следующим актуальным для региона направлениям: «Экология, сохранение биоразнообразия: флора и фауна ЧР»; «Экономика и управление народным хозяйством»; «Проблемы обучения русскому языку в условиях двуязычия»; «Информационные технологии в образовании» и др.